Durante el procedimiento, lo primero que se hace es aplicar la anestesia general. Si el paciente posee prótesis dentales removibles estas se retiran y se coloca un protector para los dientes y encías. Luego se administran sedantes, los cuales provocan que el paciente entre en un estado que se los conoce como sedación consciente, lo que genera tranquilidad y disminuye el pujo, náuseas o vómito. Luego se procede a pasar el endoscopio a través del esófago hasta llegar al estómago y a la segunda porción del duodeno. Poco a poco se insufla (introduce) aire o agua para facilitar la visualización de la superficie mucosa y poder tomar biopsias (fragmentos de tejido), que luego se analizan.

En definitiva, se trata de un procedimiento que se ha perfeccionado con el pasar del tiempo y actualmente ayuda a tener un diagnóstico claro, y es mínimamente invasivo. Es importante comprender también que, si se ha solicitado este procedimiento es porque el paciente realmente lo requiere y se ha determinado con previa valoración de síntomas y exámenes de laboratorio.