Ésta consiste en la introducción de una sonda a través del ano/recto para analizar la mucosa del colon (o intestino grueso) hasta su unión con la parte final del intestino delgado, sobre todo en pacientes que tienen diarreas crónicas de origen indeterminado, estreñimiento, que tienen dolores fuertes en el abdomen, ante el cambio de la forma normal de las heces o que defecan oscuro (con sangre), entre otros síntomas. Este consiste básicamente en un tubo flexible dotado de un sistema de iluminación y de visión. A través de él se pueden introducir pinzas y otros accesorios que se emplearán en diferentes procedimientos tanto diagnósticos como terapéuticos. La duración del procedimiento es variable, dependiendo de si se trata de una exploración diagnóstica o terapéutica, y de si precisa o no administrar sedación. En general, una colonoscopia tiene una duración aproximada de 30-45 minutos.